始建於1974年，軍方撥移清水村庫房一座，草創馬祖歷史文物館，1983年原址完成重建。1999年開始施工興建文物館，2004年元旦正式對外開放。新館共有四層，一樓有多媒體展示區、植物展示區、生態展示區、紀念品展示區、印象館、服務台。二樓有淵源館、建築館、生活館、產業館。三樓有禮俗館、戲曲民樂館、閩東學館、宗教信仰館、工藝館、咖啡館。四樓有特展室以及會議室。

保護作品至關重要，這不僅是技術性的挑戰，更是傳承的責任——將歷史和藝術遺產傳承給後代，因為這些作品具有不可替代的特徵。川圓高效細水霧科技能夠全面保護古蹟，它可以有效地對抗溫度、濕度和其他潛在損害因素，確保文物的完整性和保存。